소심한 왕따 학생 파커. 학교 실험실에서 짝사랑하는 여학생 메리 제인에게 정신이 팔려 있는 사이, 그만 유전자 조작 거미에게 손등을 물리고 만다. 다음날 아침, 파커에겐 이상한 일들이 일어난다. 시력이 좋아져 늘 콧잔등을 짓누르던 안경이 무용지물이 되는가 하면, 앙상하던 몸매가 하룻밤 새 탄탄한 근육질로 변한다. 이런 신체 변화를 두려워하기보다 제인의 환심을 살 수 있는 절호의 기회로 삼는 파커. 여자를 사로잡을 돈을 모으는 데 신비한 능력을 남용한다. 그러나 늘 "가진 힘이 클수록 책임도 큰 법"이라고 충고하던 유일한 혈육 삼촌이 강도에게 살해당하자 스파이더 맨은 자기 능력을 좋은 데 쓰기로 결심한다. 한편, 파커의 절친한 친구 해리의 아버지 노먼 오스본 박사는 실험도중 사고가 일어나 괴력을 갖게 된다. 악당 그린 고블린으로 변신한 오스본 박사와 스파이더 맨으로 변신한 파커. 세기의 대결이 시작된다.