반드시 돌아가야 한다. 모두를 지키기 위해인간의 몸속에 가둬진 외계인 죄수의 탈옥을 막으려다 과거에 갇혀버린 ‘이안’(김태리)은우여곡절 끝에 시간의 문을 열 수 있는 ‘신검’을 되찾고, ‘썬더’(김우빈)를 찾아 자신이 떠나온 미래로 돌아가려고 한다.한편 이안을 위기의 순간마다 도와주는 ‘무륵’(류준열)은자신의 몸속에 느껴지는 이상한 존재에 혼란을 느낀다.그런 ‘무륵’ 속에 요괴가 있다고 의심하는 삼각산 두 신선 ‘흑설’(염정아)과 ‘청운’(조우진),소문 속 신검을 빼앗아 눈을 뜨려는 맹인 검객 ‘능파’(진선규),신검을 차지하려는 ‘자장’(김의성)까지 ‘이안’과 ‘무륵’을 쫓기 시작한다. 한편 현대에서는,탈옥한 외계인 죄수 ‘설계자’가 폭발 시킨 외계물질 ‘하바’로 인해수많은 사람들이 죽고,우연히 외계인을 목격한 ‘민개인’(이하늬)은 이 사건을 파헤치기 시작한다.모든 하바가 폭발하기까지 남은 시간은 단 48분,시간의 문을 열고 무륵, 썬더, 두 신선과 함께 현재로 돌아온 이안.마침내 모든 비밀이 밝혀진다!