이 싸움에 끝이 보이지 않아. 내가 할 수 있는 건. 결정지어진 운명인가, 싸워나갈 자유인가!유전자 조작으로 뛰어난 신체 능력과 두뇌를 갖춘 ‘코디네이터’와자연 그대로 태어난 인류 ‘내츄럴’이 여전히 서로를 증오하는 시대.엇갈린 이념과 충돌로 인해 끊임없이 전쟁은 지속된다.사태를 진정시키고자 ‘라크스’를 초대 총재로 한 세계평화감시기구 ‘컴퍼스’가 창설되고,‘키라’와 부대원들은 ‘컴퍼스'의 일원이 되어 각지에서 벌어지는 전투에 참여한다. 하지만 신흥국 '파운데이션'이 반코디네이터 조직인 ‘블루 코스모스’ 공격을 제안하면서 우주는 또 다른 불길에 휩싸이게 되는데...